رویکرد موسوم به «تفکیک» در موضوع حقیقت عقل و دامنة اعتبار و کارکردهای آن، با رویکرد مشهور شیعی اختلاف نظر دارد. بر اساس رویکرد «تفکیک»، عقل انسان در تغایر ذاتی با روح اوست. عقل قابل تکامل است، ولی روح انسان همواره تاریک است. این رویکرد کارکرد عقل را در استعمالات دینی، منحصر به درک امور عملی، و کارکرد عِلم را منحصر به درک امور نظری می‌داند. میرزا مهدی اصفهانی یقین حاصل از حس و کتاب و سنّت را مطابق با واقع می‌داند، اما یقین حاصل از هرگونه استدلالی را معتبر نمی‌شمرد. پیروان رویکرد «تفکیک»، قیاسِ نهی‌شده در دین را به براهین فلسفی تعمیم داده، با هرگونه تعقّل عمیق مخالفت می‌ورزند. میرزا مهدی اصفهانی ارجاع نظری به بدیه را در مقابل روش «تعلیم دینی» می‌داند که صرفاً تذکر به فطرت است و نه استدلال. با روش پژوهش «درون‌دینی»، در نقد این باورها می‌گوییم: بر اساس آیات و روایات، عقل انسان مرتبه‌ای از روح اوست و می‌تواند با استدلالات متّکی به مقدّمات روشن، به درک صحیحی از امور نظری و عملی برسد. در قرآن و روایات، به وفور، از استدلالات عقلی، برای اثبات حقایق نظری و عملی استفاده شده است.
